請求書の電子化とインボイス対応のやり方｜中小企業が発行側・受取側でやること、電子帳簿保存法のルールとチェックリスト

請求書の電子化とは：発行・受け取り・保存の3つ

請求書の電子化と一口に言っても、中身は次の3つに分かれます。

取引先の合意がいらない「保存」と、自社で作成方法を変えられる「発行の作成部分」は、自社だけで今日から進められます。取引先の都合で全部を一度に電子化できなくても、できる部分から始めるのが現実的です。

なお、従業員が立て替えた経費の領収書の扱い（スキャナ保存や、少額の経費の特例など）は「経費精算がめんどくさい原因と効率化の方法」で解説しています。この記事では取引先との請求書に絞ります。

インボイス制度の基本：適格請求書とは

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、令和5年（2023年）10月1日に始まった、消費税の仕入税額控除の方式です。国税庁の説明では、一定の事項が記載された帳簿と「適格請求書（インボイス）」などの保存が、仕入税額控除の要件になります。

適格請求書は、売手が買手に正確な適用税率や消費税額を伝えるための請求書・納品書などのことで、税務署長の登録を受けた適格請求書発行事業者でなければ交付できません。登録番号は、法人番号のある事業者なら「T＋法人番号」、それ以外は「T＋13桁の数字」です。

適格請求書発行事業者には、取引の相手方（課税事業者に限る）から求められたときに適格請求書を交付する義務と、交付した適格請求書の写しを保存する義務があります。保存期間は、課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間です。

【一覧表】適格請求書の記載事項と記載のルール

取引先に交付する請求書・納品書が適格請求書となるには、次の6つの事項が必要です。

小売業、飲食店業、タクシーなど不特定多数を相手にする事業者は、記載事項を簡略化した「適格簡易請求書（簡易インボイス）」を交付でき、⑥の宛名は不要、④の適用税率と⑤の税額はどちらか一方の記載でよいとされています。

認められている記載方法

• 一定期間の取引をまとめて1枚に記載する（月まとめ請求）
• 商品名を包括的に書く、または記号・番号で表示して記号表で明らかにする
• 軽減税率の品目に「※」などを付けるほか、税率ごとに区分して表示する、税率ごとに請求書を分ける

消費税額の端数処理は「1枚につき税率ごとに1回」

国税庁のQ&Aでは、適格請求書に記載する消費税額等の1円未満の端数処理は、一の適格請求書につき、税率ごとに1回行うこととされています（切上げ・切捨て・四捨五入は任意）。明細の行ごとに税額を計算して丸め、それを合計して記載する方法は認められません。Excelの自作テンプレートで請求書を作っている会社は、計算式がどちらになっているか確認しておきましょう。

返品・値引きをしたときは返還インボイス

売上の返品や値引き、リベートなどで代金を返した場合は、原則として「適格返還請求書（返還インボイス）」の交付が必要です。ただし、税込1万円未満の返還等は交付義務が免除されています。振込手数料を差し引かれて入金され、それを値引きとして処理するような少額のケースは、これにあたります。

電子インボイスとは：PDFでもよいのか

適格請求書発行事業者は、紙の適格請求書の代わりに、記載事項を満たした電子データを提供することもできます。これが「電子インボイス」です。PDFをメールで送る形でも、記載事項がそろっていれば電子インボイスとして扱われます。請求書作成ソフトから取引先のアカウントに直接届ける形も同様です。

また、デジタル庁は、電子インボイスの国際的な標準仕様「Peppol（ペポル）」に準拠した日本の標準仕様「JP PINT」を管理しています。Peppolに対応したソフト同士なら、請求データが相手の会計ソフトに直接届き、入力の手間がなくなります。ただし、Peppolの利用は義務ではありません。まずはPDFでの送付と、データでの保存から始め、取引先や使っているソフトの対応状況を見て検討すれば十分です。

電子帳簿保存法：電子でやり取りした請求書の保存ルール

電子帳簿保存法では、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書・請求書などに相当するデータを、メールやWebサイト、クラウドサービスなどで受け取った場合も、送った場合も、そのデータを電子のまま保存することが義務付けられています（電子取引データの保存）。令和5年12月31日までは印刷して保存する対応も認められていましたが、令和6年（2024年）からは保存のルールに従ったデータ保存が必要です。

原則のルールは3つ

③の検索要件は、基準期間（2年前）の売上高が5,000万円以下の事業者などであれば、税務調査の際にデータのダウンロードの求めに応じられるようにしておくことで、不要になります。

専用システムなしでも対応できる

国税庁は、専用のシステムを導入しない方法も示しています。①は改ざん防止のための事務処理規程を定めて運用する方法（規程のサンプルは国税庁サイトにあります）、③は次のような簡易な方法で対応できます。

• ファイル名を「20261031_110000_株式会社〇〇」のように日付・金額・取引先の順で付け、特定のフォルダに集める
• 表計算ソフトで連番・日付・金額・取引先の索引簿を作り、ファイル名に連番を付ける

間に合わない場合の猶予措置

原則のルールに対応できなかったことについて所轄税務署長が相当の理由があると認め、かつ税務調査の際にデータのダウンロードと、印刷した書面の提示・提出の求めに応じられるようにしている場合は、データを保存しておくだけで足りるとされています。国税庁は、事前の届出は不要で、人手不足やシステム整備の資金不足、整備が間に合わないことも相当の理由として認められると案内しています。どの場合でも、電子で受け取ったデータを消さずに保存しておくことが出発点です。

発行する側がやること

• 請求書のテンプレートを点検する——6つの記載事項と、税率ごとに1回の端数処理になっているか。自作のExcelは特に要確認
• 作成をソフトに寄せる——会計ソフトや請求書作成ソフトで作れば、登録番号や税率ごとの集計が自動で入り、記載ミスが減る
• 送り方を取引先ごとに決める——PDFをメール、ソフトから送付、紙で郵送のどれにするか、取引先の一覧に記録する
• 控えを保存する——データで送った請求書の控えは、電子取引データとして保存ルールに沿ってデータで保存。紙で送った分は紙の控え（または作成データ）を保存する
• 入金の消込を電子化する——ネットバンキングの入金明細と請求データを突き合わせ、未入金の一覧を自動で出せるようにする
• 返品・値引きの扱いを決める——返還インボイスの出し方と、振込手数料を差し引かれた場合の処理を社内ルールにする

郵送をやめる効果も小さくありません。日本郵便の郵便料金は2024年10月に改定され、25g以下の定形郵便物は84円から110円になりました。印刷・封入・投函の手間とあわせて、発行件数が多い会社ほど電子化の効果は大きくなります。

受け取る側がやること

• 受け取りの窓口を一本化する——請求書の送り先メールアドレスを1つに決めて取引先に案内する。担当者個人のメールに散らばると、保存も支払も漏れる
• 登録番号を確認する——新しい取引先の登録番号は、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで有効か確認する
• 記載事項をチェックする——6つの事項がそろっているか。不備があれば取引先に修正した請求書を求める（買手が勝手に書き足すことはできない）
• データのまま保存する——メール・クラウドで受け取った請求書はデータで保存し、ファイル名ルールか索引簿で検索できるようにする
• 紙で届いた請求書の扱いを決める——紙のまま保存するか、スキャナ保存のルールでデータ化するかを決める
• 免税事業者からの仕入れを把握する——登録のない取引先からの仕入れは経過措置の割合でしか控除できないため、帳簿への記載方法を税理士と確認する

受け取る請求書のチェックと支払データの作成は、外部に任せやすい作業でもあります。経理業務のどこまでを任せられるかは「経理アウトソーシングはどこまで任せられる？」で整理しています。

2026年以降の制度の変更点

インボイス制度には、開始当初の負担を和らげる経過措置がいくつかあり、令和8年度税制改正で見直されました。請求書の受け取りや申告に関わるので、押さえておきましょう。

また、国税庁・財務省の特設サイトでは、令和8年9月の閣議決定にもとづき、令和9年4月1日から2年間、飲食料品の消費税率を引き下げる改正案の内容が案内されています（法案の成立が前提）。成立すれば、飲食料品を扱う会社は請求書の税率区分の設定を変える必要が出てきます。請求書をソフトで作っておけば、税率の変更にも設定の変更で対応しやすくなります。具体的な税額の計算や申告の方法は、顧問税理士に確認してください。

請求書の電子化を進める6ステップ

ポイントは、取引先の合意がいらない「保存」から始めることです。最初に置き場所とルールを決めておけば、その後に発行や受け取りを電子化しても、データが散らばりません。

地方の中小企業でつまずきやすいポイント

• 取引先が紙・FAXを希望する——無理に切り替えを求めず、自社の作成と保存だけ電子化する。案内は年に数回、請求書に同封するなどして続ける
• 請求書の届き先がばらばら——社長の携帯メール、現場担当のメール、FAX、郵送が混在している。受け取り窓口を1つにし、取引先に案内する
• ファイル名のルールが守られない——人によって付け方が違うと検索できない。ルールを1枚にまとめ、保存は担当者を決めて行う
• 「電子化＝全部システム化」と考えて止まる——国税庁も専用システムなしの方法を示している。件数が増えてから導入を検討しても遅くない
• 担当者が一人で抱える——ルールを知っているのが一人だけだと、休んだときに止まる。手順書を作り、確認役を置く

請求書を含めたバックオフィス業務全体の外部委託については「バックオフィス業務のアウトソーシングとは？」もご覧ください。

請求書電子化・インボイス対応チェックリスト

よくある質問

まとめ

請求書の電子化は、発行・受け取り・保存の3つに分けて考えると進めやすくなります。発行する側は、6つの記載事項と端数処理を満たした請求書をソフトで作り、送った控えをデータで保存する。受け取る側は、窓口を一本化し、登録番号と記載事項を確認し、電子で届いた請求書をデータのまま検索できる形で保存する。これがインボイス制度と電子帳簿保存法の両方に対応する基本の形です。

取引先がすぐに電子に切り替えてくれなくても、保存のルールづくりと発行のソフト化は自社だけで始められます。まずはチェックリストで現状を点検し、取引先の合意がいらない部分から一つずつ進めてみてください。